在正常饲养管理条件下，黄粉虫很少得病。但随着饲养密度的增加，其患病率也逐渐升高。如湿度过大，粪便污染，饲料变质，都会造成幼虫的腐烂病。即排黑便，身体渐变软、变黑，病虫排出之液体会传染其他虫子，若不及时处理，会造成整箱虫子死亡。饲料未经灭菌处理或连阴雨季节较易发生这种病。黄粉虫卵还会受到一些肉食性昆虫或蜡类的为害。主要虫害有肉食性螨、粉螨、赤拟谷盗、扁谷盗、锯谷盗、麦蛾、谷蛾及各种螟蛾类昆虫。这些害虫不仅取食黄粉虫卵，而且会咬伤蜕皮期的幼虫和蛹，污染饲料，也是黄粉虫患病的原因之一。

对病虫害应在饲养过程中进行综合防治。首先选择的虫种应该是生活力强、不带病的个体。饲料应无杂虫、无霉变，湿度不宜过大。饲料加工前应经过日晒或消毒，杀死其他杂虫卵饲养场及设备应定期喷洒杀菌剂及杀蜡剂。严格控制温湿度，及时清理虫粪及杂物。还应防鼠、防鸟、防壁虎等有害动物进人饲养场。在养虫箱中若发现害虫或霉变现象要及时处理，不让其传播。